Az erőmű és a bánya tevékenysége a felszín alatti és a felszíni vizekre egyaránt hatást gyakorolhat, ezért társaságunk fontos feladatának tekinti a vízminőség védelmét. A Vértesi Erőmű Zrt. vízhasználatait a vízügyi hatóság által kiadott vízjogi üzemeltetési engedélyek szabályozzák, amelyekben foglalt előírásoknak maradéktalanul eleget teszünk.
Az erőművek üzemelése korábban a tavon hőmérsékletemelkedést okoztak, ami azt jelenti, hogy a kilépő hűtővíz hőmérséklete több fokkal magasabb volt a belépő hűtővíz hőmérsékleténél, azonban a tó biológiai, ökológiai egyensúlya a hőmérsékletemelkedés ellenére is fenntartható volt. A felszíni vizek közül a hűtőtóra gyakorolt fenti hatással 2016 óta már az Oroszlányi erőműnél sem kellett számolni. Az erőművek hűtőtavai az ország legkedveltebb intenzív horgászvizei közé tartoznak.
Az Oroszlányi erőmű zagyterének környezetében 20 db térségi figyelőkút és 8 db E jelű kút, a Bánhidai zagytér környezetében 14 db figyelőkút, illetve a Tatabányai zagytér környezetében 2 db figyelőkút folyamatos vizsgálatával követjük nyomon a talajvíz állapotát. Az esetlegesen talajba került szennyeződés terjedésének megakadályozása érdekében a legnagyobb területű, még használatban lévő Oroszlányi zagytér esetében passzív védelemként függönyfalat telepítettünk, valamint a még nem rekultivált zagyterek mellett aktív védelemként mélyszivárgó rendszereket is üzemeltetünk. A térségi kutak vízminőségét a hatósági előírások szerinti gyakorisággal vizsgáljuk, amelyek eredményei nem mutatnak környezetszennyezést, illetve igazolják a talajvíz minőségét védő mélyszivárgó rendszerek hatékony működését.
Társaságunk 2010 óta az Oroszlányi zagytér gátjainak fokozott ellenőrzésére szolgáló monitoring rendszert is üzemeltet az ott található zagyvíz élővizektől történő biztonságos elszeparálása érdekében, melynek része a rendszeres műszeres és naponta több alkalommal végzett vizuális gát megfigyelés is. A monitoring adatok a zagytéri gát mozgására utaló eredményeket még nem mutattak.
A társaság aktív telephelyei rendelkeznek külszíni csapadék-elvezető csatornákra telepített olaj- és homokfogó műtárgyakkal, amelyek a telephelyek területén lehulló csapadékvizet az esetlegesen bekerülő olajtól és üledéktől megtisztítják. A csapadékvíz elvezetés a vízjogi üzemeltetési engedélyekben foglaltak betartásával történik.
Az erőműi üzemvitel területén a keletkező nagy mennyiségű salak és pernye hosszú távú elhelyezése és a környezetre gyakorolt terhelésének csökkentése kiemelt célunk. A környezetszennyezés csökkentésének célszerű módja ez esetben a hulladék hasznosítása, tekintettel a pernye sok tekintetben kedvező összetételére. A pernye építőipari alkalmazása 1995-ben kötött együttműködési szerződéssel kezdődött meg és évtizedekig tartott jelentős mennyiségű pernye értékesítés mellett (elsősorban a cementipar használta fel). Az utóbbi években ez a folyamat lelassult, a deponált pernye iránti érdeklődés lecsökkent, amelynek számos jogszabályi és gazdasági oka van, illetve a pernye értékesítését a jelenlegi zagytereket érintő rekultiváció előrehaladása is korlátozza.
A bánya okozta tájsebek (bányagödrök, meddőhányók) rekultiválása a művelés felhagyása után mára megtörtént, néhány helyen a terület utógondozása van még folyamatban.
A Vértesi Erőmű Zrt. törekvése, hogy ne hagyjon a tevékenységének megszűnése után tájsebeket.